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然而明兵部尚書：李化龍，手下左右侍郎等官員皆是虛銜，有些官職甚至無人充任！再加上經歷（萬曆三大征）之後國庫銀兩損失過大，且處於黨爭以及開礦時期，又冇陛下備戰旨意，加之建奴現在並未造反，故此兵部冇有任何備戰的意思！

3月16日未時，李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，在吃糯米飯時突然被噎住，隨即薨逝，享年57歲。

他死後傳出兩道遺教，一道是囑咐李氏朝鮮世子邸下：李琿，愛護兄弟，另一道是託付李氏朝鮮領議政：柳永慶、李氏朝鮮右領議：韓應寅、李氏朝鮮國丈敦寧府事兼西平府院君：韓浚謙、李氏朝鮮義州防禦使：申欽、李氏朝鮮平安西道觀察使：樸東亮、李氏朝鮮吏曹判書：許筬、李氏朝鮮兵曹判書：徐渻，這七名重臣復原保護李氏朝鮮嫡長子永昌大君：李，的生命安全以防不測！

4月20日，明禮部尚書兼東閣大學士：李庭機，稱“自臣受事以來，饑饉日趨嚴重，雲南承宣佈政使司、兩廣之地冠敢於橫行，遼東都指揮使司建奴漸驕，皆深可憂慮！每見參劾將領之章奏，多是尅餉剝軍，冇人與士卒同甘苦，兵弱餉急，太倉庫久空，太仆寺亦空，內庫難捐，稅使難撤，部、院缺官，六科、十三道積滯，人心日以渙散，政事日以廢弛，鹽法積弊不可禁除，京商苦累莫為計議，至於工作之虛糜，官吏之貪墨，刑獄之淹抑，風俗這奢靡，民間之愁怨，天下事尚有不能儘言者。臣論義則不可當止，論力則不能當正，請賜罷歸。”

此奏摺由通政使司交給明神宗：朱翊鈞，覽疏後下令優旨慰留，而對於政事則不置可否！

4月25日，明尚膳監監丞兼遼東礦監稅使：高淮，自從負責開礦之日起，便征稅遼東都指揮使司各地，其黨橫行激起民變，明遼東礦監稅使遂誣逮諸生數十人，反被明遼東巡按兼都察院右僉都禦史：熊廷弼，所彈劾，明神宗卻置之不理。

於是明遼東礦監稅使就率家丁三百餘人，聲言將入京見明神宗，潛駐在北直隸京師外城廣渠門外。

明兵科右給事中：田大益，等臣子們言“高淮蒐括士民，取金至數十萬，招納諸亡命降人，意欲何為？”

就連明吏部尚書：李戴、明刑部尚書：蕭大亨，亦皆上疏彈劾稱“高淮撤離信地遼東都指揮使司，挾兵潛往京師，此為數百年來未有之事。”

包括明都察院山東道監察禦史：袁九皋，等人也分別彈劾明遼東礦監稅使：高淮，可明神宗就是不聽！

最後明遼東巡撫：趙輯，也彈劾道“高淮罪惡萬端，且無故打死廣寧衛指揮使：張汝立。”

明神宗還是不聽。

於是明遼東礦監稅使開始反擊了，他上疏自稱鎮守有功，且協同關務，但是兵部卻奏其狂妄，不過明神宗心護他，回復道“朕固命之矣。”

從此明遼東礦監稅使自恃無恐，便進一步招募死士，時時出塞射獵，發黃票龍旗，向李氏朝鮮王國索取冠珠、貂馬，且數次與邊軍將士爭搶功勞，山海衛內外皆被其害。

其中明遼東礦監稅使還時時剋扣將士月糧，手下明遼東礦監太監：廖國泰，旋誣劾暫任明遼東總鎮總兵：馬林，扣除軍士月糧俸祿。

明神宗得知後讓吏部下令免去馬林總鎮總兵一職，改為前任遼東總鎮總兵兼寧遠伯：李成梁，上任並且撤去都察院調查之事。

為此激起了廣寧前屯衛、金州衛，將士3千多人發生兵變，皆稱要食高淮之肉。

6月10日，廣寧中屯衛、鬆山堡，以及山海衛等地明軍也加入到討打高淮的陣營中，此舉讓明遼東礦監稅使大驚，他連忙逃奔入山海衛關內。

怎奈路遇山海衛叛軍無路可走，隻能由水路乘船到天津衛碼頭，在前往京師避難。

途中還上奏託人誣告明山海衛指揮同知：王邦才、明山海衛左參將：李獲陽，逐殺朝廷命官，劫奪上供錢糧，被明神宗命北鎮撫司錦衣衛提騎逮問王邦才、李獲陽，因此激起了邊民們的大嘩。

由此明薊遼總督：蹇達，立即上書揭露了明遼東礦監稅使的反間計罪狀，明神宗得知後始命高淮回京，而以明通灣稅監：張曄，兼領其事。

6月19日，年老體邁82歲米壽之年的前任明遼東總鎮總兵兼寧遠伯：李成梁，致仕正式下崗，由明薊州總鎮總兵：杜鬆，代替其職。

6月26日，李氏朝鮮光海君以權署國事的名義，派遣了李氏朝鮮禮曹參議：李好閔，等使臣趕赴大明帝國求賜封。

但大明禮部與明神宗卻堅持認為李氏朝鮮光海君的合法性不足，要派遣官員去李氏朝鮮王國調查，可李氏朝鮮禮曹參議則辯解稱；先王長子李氏朝鮮臨海君：李珒，已中風，無法繼承王位！

於是大明禮部又要求提供李氏臨海君讓賢的奏文，果然明神宗隨後就派遣了明遼東都指揮同知：嚴一魁、明自在州知州：萬愛民，進入李氏朝鮮王國展開調查。

這兩個官僚非常愛錢，為此李氏朝鮮光海君便準備了數萬兩白銀賄賂他們，同時讓他的表叔李氏朝鮮刑曹參判：金禮直，強迫李氏朝鮮臨海君向大明欽差們回答預定的內容。

明遼東都指揮同知等按套路到喬桐驛，向李氏朝鮮臨海君問話，待完成使命後便返回大明，回奏朝廷稱；李氏朝鮮臨海君果真有病不能繼承王位。

8月初9日，因雲南都指揮使司滇軍與地方土司兵聯合圍攻之下，叛賊首領：鄭舉、叛賊偽武定府知府：阿克，兩人兵敗被俘送至京師問罪。

同時朝廷還以失武定府印璽罪為由，逮捕了明雲南巡撫：陳用賓、明雲南總鎮總兵兼黔國公：沐叡，下大理寺獄論死，實乃可悲之事！

12月11日，兀良哈部朵顏衛進犯大明帝國北直隸順天府薊州，大肆劫掠軍民住宅區，明薊州左參將：馬棟，不能低禦。

還在大明禁衛騎兵以及薊州衛、營州右屯衛、營州後屯衛、興州左屯衛，援軍所至，居民們望見天空中明軍交戰時火器打出來的火光，以為是敵軍將至？紛紛大驚各自逃入京城，每日多達數萬人，致使京師內外城九門儘閉，帝都開始戒嚴。

而明兵部尚書：李化龍，請以白銀三十萬兩填補薊州鎮缺餉，並修軍械器具，戶部則以國庫告乏，請暫借內務庫礦稅銀，定期補還。

明神宗不許借用內務庫銀，而命發太仆寺馬價銀十萬兩、戶部銀十萬兩，才讓薊州衛以及薊州鎮軍心稍定。

此刻朵顏衛見明軍有備而來，且久攻不下損失慘重，大多數朵顏軍被明軍火器打傷，便開始撤兵但明軍追擊時還趁勢殺了襖兒都指揮使司漠南蒙古河套部151人，讓漠南蒙古河套部首領：拱菟，懷恨再心伺機復仇。

12月18日，明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）首先是責令三弟明建州右衛軍民指揮使：愛新覺羅·舒爾哈齊，放棄自立為王的念頭，重新歸附到建州女真三衛麾下，但被拒絕了。

在勸說無效的情況下，他決定斷然採取了強硬措施。

在明萬曆三十七年公元1609年3月初7日，明建州右衛軍民指揮使的兩個兒子（長子：愛新覺羅·阿爾通阿、三子：愛新覺羅·紮薩克圖）兩人均被明建州左衛軍民指揮使派兵誅殺，包括明建州右衛軍民總旗：納拉·武爾坤，也被處死。

但明建州左衛軍民指揮使的餘怒還未消，仍打算將他的次子：愛新覺羅·阿敏，處死，隻是在自己的第八子：愛新覺羅·紅歹是（愛新覺羅·皇太極）等人的極力求情下，才逃過一劫免於一死，不過他的一半家產被冇收。

麵對兄長咄咄逼人的姿態，明建州右衛軍民指揮使開始復仇出發，誰知戰敗！失去了繼續抗爭的勇氣。

他知道自己的實力遠遠不如兄長，而且他所指望的靠山，駐紮在遼東都指揮使司的明軍，也處在岌岌可危的境地，根本不是冇有出手的意思。

在萬念俱灰的絕望處境下，明建州右衛軍民指揮使回到了兄長的帳下，但是這次兄長明建州左衛軍民指揮使對他不再講兄弟情誼了，而是直接把他囚禁在一間暗室之中，用鐵鏈鎖住，僅有兩個孔穴給他送食物。

這下建州女真八部又壯大了許多，明神宗為了牽製建州女真八部的發展，纔不得已派遣了明行人司行人：劉用，出使李氏朝鮮王國，正式冊封李氏朝鮮光海君為李氏朝鮮國王（大明李氏朝鮮郡王）。

但大明禮部還是拒絕承認李氏朝鮮光海君，是大明帝國的郡王，直到李氏朝鮮官員們賄賂禮部纔打通關係，勉強承認但也讓李氏朝鮮光海君開始討厭大明帝國。

3月10日，襖兒都指揮使司漠南蒙古河套部首領：拱菟，集合兵力開始報復大明，遂率眾五千餘人進入遼東都指揮使司大勝堡，明廣寧中屯衛遊擊將軍：於守誌，率兵出擊兵敗。

致使漠南蒙古河套部首領俘獲了明大勝堡總兵：耿尚文，將其五馬分屍，且在大勝堡一帶大肆殺掠，還深入小淩河22裡地。

然而明遼東總鎮總兵：杜鬆，卻駐紮大淩河，冇有前往救援，導致明軍大敗。

12月初5日，南直隸揚州府劉家莊百姓造反，殺死明如皋縣知縣：張藩，致使軍情緊急明漕運總督：李三才，立即奏報明泰州知州：劉民愛，又遭遇了明高郵衛指揮使：王正國，等將領失事，並說“因各處飢荒，故流民日眾，且千百成群，正在行劫，非速免租，進行救濟，安撫人民，否則後果將不堪設想。”

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